Die Medizinische Universität Wien hat seit ihrer Autonomie 2004 mehrere Tochtergesellschaften und Beteiligungen gegründet, um so Kompetenzen zu bündeln und autonom ausführen zu können.
Die Universitätszahnklinik, die Medical University of Vienna International, die Forensische DNA-Zentrallabor Wien GmbH und die Forschungsservice- und -beteiligungs GmbH sind 100%-Töchter. Die Max Perutz Labs sind ein Joint Venture mit der Universität Wien (60% Universität Wien, 40% MedUni Wien)